La Coupe du Kazakhstan 2006 est la 15e édition de la Coupe du Kazakhstan depuis l'indépendance du pays. Elle prend place du 17 avril au 8 novembre 2006. Un total de 39 équipes prennent part à la compétition, toutes issues des deux premières divisions nationales kazakhes pour la saison 2006. La compétition est remportée par le FK Almaty qui l'emporte face au tenant du titre le FK Astana à l'issue de la finale et gagne sa première coupe nationale. Ce succès permet au club de se qualifier pour le premier tour de qualification de la Coupe UEFA 2007-2008.