La Coupe de la fédération soviétique 1988 est la 3e édition de la Coupe de la fédération soviétique de football. Elle se déroule entre le 1er avril et le 22 novembre 1988 et ne concerne que les participants à la première division 1988. La finale se joue le 22 novembre 1988 au stade Républicain de Kichinev et voit la victoire du Kaïrat Alma-Ata aux dépens du Neftchi Bakou.