La Coupe de l'EHF 2006-2007 est la 26e édition de la Coupe de l'EHF masculine. Organisée par la Fédération européenne de handball (EHF), la compétition est ouverte en 2006-2007 à 56 clubs de handball d'associations membres de l'EHF. Ces clubs sont qualifiés en fonction de leurs résultats dans leur pays d'origine lors de la saison 2005-2006.