La coupe de France masculine de handball 1999-2000 est la 18e édition de la compétition. Le Montpellier Handball remporte sa deuxième coupe de France de suite en disposant en finale du club de l'US Dunkerque. Montpellier ayant également remporté le championnat de France, Dunkerque récupère la place qualificative en Coupe des Vainqueurs de Coupe.