La Coupe Challenge masculine de handball 2012-2013 est la 20e édition de la Coupe Challenge. Depuis cette édition, elle est troisième dans la hiérarchie des compétitions européennes masculines en raison de la disparition de la Coupe d'Europe des vainqueurs de coupe. Elle a vu le club biélorusse du SKA Minsk l'emporter en finale face au club luxembourgeois du Handball Esch.