La Coupe Intertoto 2003 est la neuvième édition de la Coupe Intertoto organisée par l'Union des associations européennes de football (UEFA). Elle se déroule de juin à août 2003. La compétition est remportée par le FC Schalke 04, le Pérouse Calcio et le Villarreal CF qui sont ainsi qualifiés pour la Coupe UEFA 2003-2004.