Chlamydia trachomatis est une bactérie intracellulaire obligatoire, non colorable au Gram. Cette bactérie est responsable de l'urétrite à Chlamydia (ou chlamydiose), maladie sexuellement transmissible qui est la plus fréquente en Amérique latine et aux États-Unis après le Papillomavirus (50 fois plus fréquente que la gonorrhée, elle-même plus fréquente que la syphilis). Son réservoir est strictement humain. Il existe deux biovars et 18 sérovars connus[réf. souhaitée] (mis en évidence par micro-immunofluorescence), possédant un tropisme tout particulier pour les muqueuses génitales et oculaires.
