La saison 2012-2013 de Premier League Maltaise est la quatre-vingt-dix-huitième édition de la première division maltaise. Les douze meilleures équipes du pays s'affrontent en matchs aller et retour au sein d'une poule unique. À la fin de cette première phase, les six premiers du classement disputent la poule pour le titre et rejouent à nouveau deux fois contre leurs adversaires. Les six derniers participent à la poule de relégation, qui voit le dernier être rétrogradé en deuxième division maltaise.