Le Championnat de France de rugby à XIII 1939-40 est la sixième édition du Championnat de France de rugby à XIII. Le XIII Catalan (Perpignan) remporte son deuxième championnat de l'histoire en battant en finale 20-16 Pau. Il s'agit de la dernière édition avant la saison 1944-1945 à la suite de l'interdiction du rugby à XIII par le gouvernement de Vichy.