Le Championnat de France amateur 2 2008-2009 est la 16e édition du championnat de France de football de cinquième division. Le cinquième niveau du championnat oppose cent-trente clubs français répartis en huit groupes de seize et dix-sept clubs, en une série de trente-deux rencontres jouées durant la saison de football. Les premières places de chaque groupe et les quatre meilleures deuxièmes permettent de monter en CFA lors de la saison suivante alors que les quatre dernières places de chaque groupe sont synonyme de relégation en division d'honneur.