Le Championnat de Belgique de football de Division 3 2006-2007 est la 78e édition du championnat de troisième niveau national en Belgique. La compétition est disputée par 32 équipes réparties en deux séries de 16. Sous réserve d’être en possession d’une licence pour le football rémunéré, le champion de chaque série est promu en Division 2, alors que les deux derniers classés de chaque série sont relégués en Promotion.