La saison 1999-2000 de 1. Bundesliga était la trente-septième édition de la première division allemande. Lors de cette saison, le Bayern Munich a conservé son titre de champion d'Allemagne face aux dix-sept meilleurs clubs allemands lors d'une série de matchs se déroulant sur toute l'année. Chacun des dix-huit clubs participant au championnat a été confronté à deux reprises aux dix-sept autres. Huit places étaient qualificatives pour les compétitions européennes, la neuvième étant celle du vainqueur de la DFB-Pokal 1999-2000.