(539) Pamina est un astéroïde de la ceinture principale découvert le 2 août 1904 par l'astronome allemand Max Wolf à l'Observatoire du Königstuhl près de Heidelberg. Sa désignation provisoire était 1904 OL. Il a été baptisé ainsi en référence à la fille de la Reine de la Nuit dans l'opéra La Flûte enchantée, de Mozart (1756—1791).
