Cette page présente la saison 2009-10 de l'AJ Auxerre. Jean Fernandez entraîne pour la quatrième saison consécutive l'équipe et Alain Dujon préside pour la première fois l'AJA en tant que remplaçant de Jean-Claude Hamel. L'AJ Auxerre rentre ensuite dans le rang et est cinquième à la trêve. Le club repart ensuite de l'avant et enchaîne douze matchs sans défaite entre la 24e et la 35e journée. Le club termine la saison à la troisième place et se qualifie pour le tour préliminaire de la Ligue des champions.