Les épreuves de natation aux Jeux africains de 2003 ont été disputées au nouveau complexe aquatique d’Abuja du 5 au 11 octobre 2003. Il n’y a pas eu de record continental battu mais 27 records des jeux ont été établis dont 16 pour l’Afrique du Sud. Au niveau individuel, Lize-Mari Retief et Ahmed Hussein en ont établi 4 chacun, devant Oussama Mellouli (3).