L'Estonie participera aux Jeux olympiques de 2016 à Rio de Janeiro au Brésil du 05 au 21 août 2016. Il s'agit de sa 7e participation à des Jeux olympiques d'été. Avec une seule médaille de bronze en quatre de couple masculin (aviron), l'Estonie réalise un de ses plus mauvais bilans historiques aux JO d'été après le zéro pointé des Jeux d'Atlanta en 1996.