Ernst Märzendorfer (né le 26 mai 1921 à Oberndorf bei Salzburg; décédé le 16 septembre 2009 à Vienne) est un chef d'orchestre et compositeur autrichien. C'est le premier chef d'orchestre qui a effectué un enregistrement de l'intégrale des symphonies de Joseph Haydn. Il a dirigé plusieurs premières d'opéras.