La Coupe de l'EHF 2008-2009 est la 28e édition de la Coupe de l'EHF masculine. Organisée par la Fédération européenne de handball (EHF), la compétition est ouverte en 2008-2009 à 51 clubs de handball d'associations membres de l'EHF. Ces clubs sont qualifiés en fonction de leurs résultats dans leur pays d'origine lors de la saison 2007-2008.