La Coupe de l'EHF 1999-2000 est la 19e édition de la Coupe de l'EHF masculine. Organisée par la Fédération européenne de handball (EHF), la compétition est ouverte en 1999-2000 à 29 clubs de handball d'associations membres de l'EHF. Ces clubs sont qualifiés en fonction de leurs résultats dans leur pays d'origine lors de la saison 1998-1999.