La Coupe de l'EHF 1998-1999 est la 19e édition de la Coupe de l'EHF masculine. Organisée par la Fédération européenne de handball (EHF), la compétition est ouverte à 31 clubs de handball d'associations membres de l'EHF. Ces clubs sont qualifiés en fonction de leurs résultats dans leur pays d'origine lors de la saison 1997-1998. Elle est remportée par le club allemand du SC Magdebourg, vainqueur en finale du club espagnol du BM Valladolid.