La Coupe de futsal de l'UEFA 2006-2007 est la sixième édition de la compétition. Aucun club ne passe plus d'un tour durant la compétition. Les quatre équipe qualifiées à l'issue du Tour préliminaire sont éliminées au principal. Les quatre têtes de série entrant au Tour élite monopolisent le même nombre de place qualificatives pour la phase finale.