La Coupe d'Europe de ski alpin 1999-2000 est la 29e édition de la Coupe d'Europe de ski alpin, compétition de ski alpin organisée annuellement par la Fédération internationale de ski. Elle se déroule du 7 décembre 1999 au 19 mars 2000 dans trente-deux stations européennes réparties dans huit pays. Ce sont les Autrichiens Selina Heregger et Christoph Gruber qui remportent les classements généraux.