La Coupe d'Europe de ski alpin 1998-1999 est la 28e édition de la Coupe d'Europe de ski alpin, compétition de ski alpin organisée annuellement par la Fédération internationale de ski. Elle se déroule du 5 décembre 1998 au 4 mars 1999 dans vingt-quatre stations européennes réparties dans huit pays. Ce sont les Autrichiens Silvia Berger et Michael Walchhofer qui remportent les classements généraux.