La Coupe Intertoto 2006 est la douzième édition de la Coupe Intertoto organisée par l'Union des associations européennes de football (UEFA). Elle se déroule en juin et juillet 2006. La compétition se déroule selon une nouvelle formule. Le nombre de tours est réduit de cinq à trois et la Coupe Intertoto permet à non plus trois, mais onze équipes de se qualifier pour la Coupe UEFA (le deuxième tour de qualification).