La saison 2016-2017 de EFL League Two est la cinquante-neuvième édition de la quatrième division anglaise. Les vingt-quatre clubs participants au championnat sont confrontés à deux reprises aux vingt-trois autres. À la fin de la saison, les trois premiers sont promus en EFL League One et les quatre suivants s'affrontent en playoffs pour une place dans la division supérieure. Les deux derniers sont relégués en National League.