La saison 2012-2013 de League Two est la cinquante-sixième édition de la quatrième division anglaise. Les vingt-quatre clubs participants au championnat sont confrontés à deux reprises aux vingt-trois autres. À la fin de la saison, les trois premiers sont promus en League One et les quatre suivants s'affrontent en barrages pour une place dans la division supérieure. Les deux derniers sont relégués en Conference National.