La saison 2006-2007 de League Two est la cinquante-et-unième édition de la quatrième division anglaise. La saison régulière se déroule du 5 août 2006 au 5 mai 2007 et les barrages se déroulent du 12 au 26 mai 2007. Les vingt-quatre clubs participants au championnat ont été confrontés à deux reprises aux vingt-trois autres. À la fin de la saison, les trois premiers ont été promus en League One et les quatre suivants se sont affrontés en barrages. Les deux derniers ont été quant à eux relégués en Conférence National.