La saison 2009-2010 de 3. Liga est la deuxième édition de la troisième division allemande. À la fin de la saison, les deux premiers sont promus en 2. Bundesliga. Un match de barrage aller/retour oppose le troisième du classement final de la 3. Liga au seizième de la 2. Bundesliga. Les trois derniers sont relégués en Regionalliga.