Le Championnat d'Allemagne de deuxième division 1999-2000 est la 26e édition de la 2. Bundesliga. Elle oppose dix-huit clubs professionnels de football. La compétition se déroule en trente-quatre journées, toutes les équipes se rencontrant deux fois lors d'un match aller et d'un match retour. Le vainqueur ainsi que les deuxième et troisième du classement final sont promus en Bundesliga 2000-2001. Les quatre derniers sont relégués en Regionalliga.