Le Tour des Flandres 1939 est la 23e édition du Tour des Flandres. La course a lieu le 2 avril 1939, avec un départ à Gand et une arrivée à Wetteren sur un parcours de 230 kilomètres. Le vainqueur final est le coureur belge Karel Kaers, qui s’impose en solitaire à Wetteren. Les Belges Romain Maes et Edward Vissers complètent le podium.