La modélisation moléculaire est un ensemble de techniques pour modéliser ou imiter le comportement de molécules.

PropertyValue
dbpedia-owl:abstract
  • La modélisation moléculaire est un ensemble de techniques pour modéliser ou imiter le comportement de molécules.
  • Molecular modeling encompasses all theoretical methods and computational techniques used to model or mimic the behaviour of molecules. The techniques are used in the fields of computational chemistry, drug design, computational biology and materials science for studying molecular systems ranging from small chemical systems to large biological molecules and material assemblies. The simplest calculations can be performed by hand, but inevitably computers are required to perform molecular modelling of any reasonably sized system. The common feature of molecular modelling techniques is the atomistic level description of the molecular systems. This may include treating atoms as the smallest individual unit (the Molecular mechanics approach), or explicitly modeling electrons of each atom (the quantum chemistry approach).
  • Simulació molecular o modelat molecular és un terme complex que fa referència a una sèrie de mètodes teòrics i tècniques computacionals per a modelar o mimetitzar el comportament de les molècules. Aquestes tècniques són emprades en els camps de la química computacional, la biologia computacional i la ciència de materials per tal d'estudiar sistemes moleculars que comprenen des de petits sistemes químics fins a grans molècules biològiques i compostos de materials. També s'utilitza en el disseny de nous materials i de fàrmacs.Els càlculs més senzills poden realitzar-se a mà, però inevitablement els ordinadors són necessaris per portar a terme el modelat molecular de qualsevols sistema d'una mida raonable. El tret comú de les tècniques de modelat molecular és la descripció a nivell atòmic dels sistemes moleculars; el mínim nivell d'informació és a escala d'àtoms individuals (o de petits grups d'àtoms) més baix. Aquest fet contrasta amb la química quàntica (també coneguda com a càlcul de l'estructura electrònica), en la qual els electrons són explícitament considerats. L'avantatge del modelat molecular és el fet que redueix la complexitat del sistema, fent així possible realitzar simulacions de sistemes d'un nombre molt més elevat de partícules (àtoms). La mecànica molecular és sinònim de modelat molecular, ja que fa referència a l'ús de la mecànica clàssica/mecànica Newtoniana per tal de descriure els principis físics dels models. Els models moleculars descriuen normalment àtoms (nucli i electrons conjuntament) com a càrregues puntuals amb una massa associada. Les interaccions entre àtoms veïns són descrites mitjançant interaccions de tipus molla (les quals representen els enllaços químics) i les forces de van der Waals. El potencial de Lennard-Jones s'empra freqüentment per a descriure les forces de van der Waals. Les interaccions electrostàtiques es calculen segons les lleis de Coulomb. S'assignen coordenades als àtoms ja sigui en l'espai cartesià o en coordenades internes, i simulacions dinàmiques poden també assignar-les-hi les velocitats. Les velocitats atòmiques estan relacionades amb la temperatura del sistema, una mesura macroscòpica. L'expressió matemàtica col·lectiva és coneguda com a funció potencial i està relacionada amb l'energia interna del sistema (U), una mesura termodinàmica equivalent a la suma de les energies cinètica i potencial. Methods which minimize the potential energy are known as energy minimization techniques (e.g., steepest descent and conjugate gradient), while methods that mànica odel the behaviour of the system with propagation of time are known as molecular dynamics.E = Eenllaç + Eangle + Edihedre + Eno-enllaçEno-enllaç = Eelectrostàtica + Evan der WaalsAquesta funció, anomenada funció potencial, calcula l'energia potencial molecular com la suma de termes d'energia que descriuen les desviacions de les longituds, angles i torsions (dihedres) dels enllaços respecte dels seus valors d'equilibri, més els termes corresponents als parells d'àtoms no enllaçats que descriuen interaccions electrostàtiques i de van der Waals. El conjunt de paràmetres format per les longituds d'enllaç en equilibri, els angles d'enllaç, els valors de les càrregues parcials, les constants de força i els paràmetres de van der Waals, són en el seu conjunt coneguts com el camp de forces (anomenat en anglès force-field, nom habitualment emprat en la bibliografia). Les diferents implementacions de la mecànica molecular fan ús d'expressions matemàtiques lleugerament diferents, i per tant, de diferents constants per a la funció potencial. Els camps de forces d'ús comú avui en dia han estat desenvolupats mitjançant l'ús de càculs quàntics de gran complexitat i/o l'ajust de dades experimentals. La tècnica coneguda com a minimització d'energia és emprada per tal de trobar posicions de gradient zero per a tots els àtoms, en altres paraules, un mínim local d'energia. Els estats d'energia mínima són de fet els més estables, i són generalment estudiats degut a la seva importància en els processos químics i biològics. Una simulació de dinàmica molecular, per altra banda, calcula el comportament d'un sistema en funció del temps. Comporta doncs resoldre les equacions del moviment de Newton, principalment la segona equació F = ma. La integració de les equacions de moviment de Newton, mitjançant diferents algoritmens d'integració, resulta en les trajectòries dels àtoms en l'espai i el temps. La força en un àtom es defineix com el gradient negatiu de la funció d'energia potencial. La tècnica de la minimització de l'energia és útil per a obtenir una imatge estàtica que serveixi per a comparar entre estats diferents de sistemes similars, mentre que la dinàmica molecular proveeix informació sobre els processos dinàmics amb la inclusió intrínseca dels efectes de la temperatura.Les molècules poden modelar-se tant en el buït com en presència d'un solvent com ara l'aigua. Les simulacions de sistemes en el buït s'anomenen simulacions en fase gasosa, i les que inclouen la presència de molècules de solvent s'anomenen simulacions de solvent explícit. En un altre tipus de simulatcions, l'efecte del solvent s'estima mitjançant l'ús d'una expressió matemàtica empírica; aquestes es coneixen com simulacions de solvació implícita. Els mètodes de modelat molecular s'empren actualment de forma habitual per a investigar l'estructura, la dinàmica i la termodinàmica de sistemes inorgànics, biològics i polimèrics. Els tipus d'activitats biològiques que han estat objecte d'investigació mitjançant l'ús del modelat molecular inclouen el plegament de proteïnes, la catàlisi enzimàtica, l'estabilitat proteínica, els canvis conformacionals associats a la funció biomolecular, i el reconeixement molecular de proteïnes, ADN, i complexos de membranes.
  • Молекулярное моделирование (ММ) — собирательное название методов исследования структуры и свойств молекул вычислительными методами с последующей визуализацией результатов, обеспечивающие их трехмерное представления при заданных в расчете условиях.Методы молекулярного моделирования используются в компьютерной химии, вычислительной биологии и науке о материалах для изучения как индивидуальных молекул, так и взаимодействия в молекулярных системах.Расчеты простейших систем при молекулярном моделировании могут быть выполнены вручную, но из-за большого объема вычислений при молекулярном моделировании сколь либо сложных систем, особенно при исследовании молекулярной динамики, используются компьютерные методы расчета и визуализации, эта техника получила название компьютерного молекулярного моделирования (англ. computer-assisted molecular modeling, CAMM).Общей чертой методов ММ является атомистический уровень описания молекулярных систем — наименьшими частицами являются атомы или небольшие группы атомов. В этом состоит отличие ММ от квантовой химии, где в явном виде учитываются и электроны. Таким образом, преимуществом ММ является меньшая сложность в описании систем, позволяющая рассмотрение большего числа частиц при расчётах.
  • Unter molekularer Modellierung (englisch molecular modeling (AE) bzw. molecular modelling (BE)), werden Techniken für computerunterstütztes Modellieren chemischer Moleküle zusammengefasst. Das Design von neuen Molekülen und deren Modellierung ist ein Teilgebiet der molekularen Modellierung (englisch computer-aided molecular design, CAMD).
  • Modele budowy cząsteczek chemicznych to mniej lub bardziejdokładne wyobrażenia tych cząsteczek.Najbardziej prymitywne modele to kulki z np. tworzywa połączone z sobą pałeczkami. Kulki reprezentują tu atomy, a pałeczki wiązania chemiczne. Jeśli średnice kulek będą proporcjonalne do promieni van der Waalsa atomów, a długości pałeczek do długości wiązań, to otrzymamy model z grubsza zgodny z rzeczywistą strukturą cząsteczek. W podobny sposób można też modelować cząsteczki na ekranie komputera.W praktyce, długości i kąty wiązań chemicznych zmieniają się w bardzo szerokim zakresie w różnych cząsteczkach i dlatego tego rodzaju prymitywne modele nie odzwierciedlają prawdziwej budowy cząsteczek.Teoretycznie obliczenie struktury danej cząsteczki byłoby możliwe poprzez rozwiązanie dla jej wszystkich wiązań i atomów równania Schroedingera. W praktyce jednak analityczne rozwiązanie równania Schroedingera dla nawet stosunkowo prostych związków chemicznych jest zadaniem niewykonalnym.
  • 分子シミュレーション(ぶんしシミュレーション)は、何らかの物理現象や物質が持つ物性などを分子の動きを数値計算することにより解析する試みのことである。化学や物性物理の分野で主に用いられ、実験と両輪をなすものである。また、複雑で多量な計算を必要とすることが多いため計算機を用いて計算させることが一般的である。計算の中で考慮した全分子の位置座標、速度、分子間の相互作用、外場の影響などを全て記録し、その変化を追跡できるため、分子間の相互作用などのミクロな物性の寄与が大きい物理現象や、対象とする物質が持つ物性が分子レベルではどういった起源を持つのかといったことに関心を寄せる化学や物性物理に支持されている。計算の規模は小さい場合は分子数個、大きい場合でおよそ1万個程度が目安となる。これは水分子で考えた場合、大きな系でせいぜい3×10−19グラム分ということになる。現実生活で我々が扱う量からすれば大変小さく感じるが、現実にある現象などを記述するにはこの程度の系で充分であることが多い。
  • La modellistica molecolare comprende tutti i metodi teorici e le tecniche computazionali utilizzate per rappresentare o simulare il comportamento delle molecole. Le tecniche sono utilizzate nei campi della chimica computazionale, della biologia computazionale e in scienza dei materiali per lo studio dei sistemi molecolari dai piccoli sistemi chimici alle grandi molecole biologiche e assemblaggi molecolari. I calcoli effettuati con l'ausilio del computer permettono l'applicazione della modellistica molecolare anche a sistemi relativamente complessi. La caratteristica comune delle tecniche di modellistica molecolare è il livello atomistico di descrizione dei sistemi molecolari; il più piccolo livello di informazione è rappresentato dagli atomi individuali (o un piccolo gruppo di atomi). Ciò è in contrasto con il calcolo della struttura elettronica tipico della chimica quantistica, dove gli elettroni sono considerati esplicitamente. Il vantaggio della modellistica molecolare consiste nella riduzione della complessità del sistema, consentendo a molti più atomi di essere considerati durante le simulazioni.
  • El modelado molecular o simulación molecular es un término general que engloba métodos teóricos y técnicas computacionales para modelar, imitar y predecir el comportamiento de moléculas. Las técnicas y métodos utilizados se encuentran en un amplio rango de campos de la física (termodinámica, mecánica clásica, mecánica estadística, mecánica cuántica, física matemática y ciencia de materiales), la química computacional y la bioquímica para el estudio de sistemas moleculares que abarcan desde pequeños sistemas químicos a grandes moléculas biológicas y materiales cristalinos. Los cálculos más simples pueden ser realizados a mano, pero inevitablemente se requieren computadoras para realizar el modelado molecular de cualquier sistema medianamente complicado. La característica particular de las técnicas de modelado es la descripción a nivel atómico de los sistemas moleculares; el menor nivel de información es por átomos individuales (o un pequeño grupo de átomos).La simulación de sistemas molecular puede realizarse mediante métodos clásicos o cuánticos.Los métodos de modelado molecular son usados rutinariamente en la actualidad para investigar la estructura, dinámica y termodinámica de sistemas inorgánicos, biológicos y poliméricos. Los tipos de actividad biológica que han sido investigados usando modelado molecular incluyen plegamiento proteico, catálisis de enzimas, estabilidad de proteínas, cambios conformacionales asociados con la función biomolecular, y reconocimiento molecular de proteínas, ADN, y complejos de membranas.
  • Modelagem molecular é um termo coletivo que se refere aos métodos teóricos e técnicas computacionais para modelar ou mimetizar o comportamento das moléculas. As técnicas são usadas em campos da química, biologia, farmácia computacional, e ciênciados materias, para estudar sistemas moleculares oriundos de pequenos sistemas químicos à grandes moléculas biológicas e materiais. Os cálculos mais simples podem ser feitos à mão, mas inevitavelmente são necessários computadores para realizar cálculos de sistemas dequalquer tamanho.A Modelagem molecular pode ser feita através da Mecânica Molecular (MM) que se baseia na Mecânica Clássica e considera as interações entre os núcleos das moléculas. Ou pode ser feita através do uso da Mecânica Quântica. Neste caso, utiliza-se o método ab initio e/ou o método semi-empírico.== Notas e referências ==ca:Simulació molecularde:Molecular Modellinges:Modelado molecularfi:Molekyylimallinnusfr:Modélisation moléculairepl:Modelowanie molekularneru:Молекулярное моделированиеsr:Молекулско моделирањеzh:分子建模
dbpedia-owl:thumbnail
dbpedia-owl:wikiPageID
  • 479035 (xsd:integer)
dbpedia-owl:wikiPageLength
  • 1618 (xsd:integer)
dbpedia-owl:wikiPageOutDegree
  • 17 (xsd:integer)
dbpedia-owl:wikiPageRevisionID
  • 111078082 (xsd:integer)
dbpedia-owl:wikiPageWikiLink
prop-fr:wikiPageUsesTemplate
dcterms:subject
rdfs:comment
  • La modélisation moléculaire est un ensemble de techniques pour modéliser ou imiter le comportement de molécules.
  • Unter molekularer Modellierung (englisch molecular modeling (AE) bzw. molecular modelling (BE)), werden Techniken für computerunterstütztes Modellieren chemischer Moleküle zusammengefasst. Das Design von neuen Molekülen und deren Modellierung ist ein Teilgebiet der molekularen Modellierung (englisch computer-aided molecular design, CAMD).
  • 分子シミュレーション(ぶんしシミュレーション)は、何らかの物理現象や物質が持つ物性などを分子の動きを数値計算することにより解析する試みのことである。化学や物性物理の分野で主に用いられ、実験と両輪をなすものである。また、複雑で多量な計算を必要とすることが多いため計算機を用いて計算させることが一般的である。計算の中で考慮した全分子の位置座標、速度、分子間の相互作用、外場の影響などを全て記録し、その変化を追跡できるため、分子間の相互作用などのミクロな物性の寄与が大きい物理現象や、対象とする物質が持つ物性が分子レベルではどういった起源を持つのかといったことに関心を寄せる化学や物性物理に支持されている。計算の規模は小さい場合は分子数個、大きい場合でおよそ1万個程度が目安となる。これは水分子で考えた場合、大きな系でせいぜい3×10−19グラム分ということになる。現実生活で我々が扱う量からすれば大変小さく感じるが、現実にある現象などを記述するにはこの程度の系で充分であることが多い。
  • La modellistica molecolare comprende tutti i metodi teorici e le tecniche computazionali utilizzate per rappresentare o simulare il comportamento delle molecole. Le tecniche sono utilizzate nei campi della chimica computazionale, della biologia computazionale e in scienza dei materiali per lo studio dei sistemi molecolari dai piccoli sistemi chimici alle grandi molecole biologiche e assemblaggi molecolari.
  • El modelado molecular o simulación molecular es un término general que engloba métodos teóricos y técnicas computacionales para modelar, imitar y predecir el comportamiento de moléculas.
  • Modele budowy cząsteczek chemicznych to mniej lub bardziejdokładne wyobrażenia tych cząsteczek.Najbardziej prymitywne modele to kulki z np. tworzywa połączone z sobą pałeczkami. Kulki reprezentują tu atomy, a pałeczki wiązania chemiczne. Jeśli średnice kulek będą proporcjonalne do promieni van der Waalsa atomów, a długości pałeczek do długości wiązań, to otrzymamy model z grubsza zgodny z rzeczywistą strukturą cząsteczek.
  • Simulació molecular o modelat molecular és un terme complex que fa referència a una sèrie de mètodes teòrics i tècniques computacionals per a modelar o mimetitzar el comportament de les molècules. Aquestes tècniques són emprades en els camps de la química computacional, la biologia computacional i la ciència de materials per tal d'estudiar sistemes moleculars que comprenen des de petits sistemes químics fins a grans molècules biològiques i compostos de materials.
  • Molecular modeling encompasses all theoretical methods and computational techniques used to model or mimic the behaviour of molecules. The techniques are used in the fields of computational chemistry, drug design, computational biology and materials science for studying molecular systems ranging from small chemical systems to large biological molecules and material assemblies.
  • Молекулярное моделирование (ММ) — собирательное название методов исследования структуры и свойств молекул вычислительными методами с последующей визуализацией результатов, обеспечивающие их трехмерное представления при заданных в расчете условиях.Методы молекулярного моделирования используются в компьютерной химии, вычислительной биологии и науке о материалах для изучения как индивидуальных молекул, так и взаимодействия в молекулярных системах.Расчеты простейших систем при молекулярном моделировании могут быть выполнены вручную, но из-за большого объема вычислений при молекулярном моделировании сколь либо сложных систем, особенно при исследовании молекулярной динамики, используются компьютерные методы расчета и визуализации, эта техника получила название компьютерного молекулярного моделирования (англ.
  • Modelagem molecular é um termo coletivo que se refere aos métodos teóricos e técnicas computacionais para modelar ou mimetizar o comportamento das moléculas. As técnicas são usadas em campos da química, biologia, farmácia computacional, e ciênciados materias, para estudar sistemas moleculares oriundos de pequenos sistemas químicos à grandes moléculas biológicas e materiais.
rdfs:label
  • Modélisation moléculaire
  • Молекулярное моделирование
  • Model budowy cząsteczek
  • Modelado molecular
  • Modelagem molecular
  • Modellistica molecolare
  • Molecular modelling
  • Molekulamodellezés
  • Molekulare Modellierung
  • Simulació molecular
  • 分子シミュレーション
owl:sameAs
http://www.w3.org/ns/prov#wasDerivedFrom
foaf:depiction
foaf:isPrimaryTopicOf
is dbpedia-owl:type of
is dbpedia-owl:wikiPageRedirects of
is dbpedia-owl:wikiPageWikiLink of
is prop-fr:type of
is foaf:primaryTopic of