Guillaume Auger (né le 21 mars 1976 à Joigny) est un coureur cycliste français. Passé professionnel dans l'équipe BigMat-Auber 93 après un titre de champion d'Europe espoir du contre-la-montre, il remporte deux succès sur le Tour de l'Algarve et le Tour méditerranéen, puis s'impose en 2003 au Circuit des mines. En 2004, il rejoint RAGT Semences, avec qui il participe à son deuxième Tour de France.