La Coupe du monde de cyclo-cross 2012-2013 est la 20e édition de la coupe du monde de cyclo-cross qui a lieu du 21 octobre 2012 à Tábor au 20 janvier 2013 à Hoogerheide. Elle comprend huit manches pour les hommes et les femmes, et six pour les hommes espoirs et juniors. Toutes les épreuves font partie du calendrier de la saison de cyclo-cross masculine et féminine 2012-2013.