Depuis quelques années, de nombreux incidents ont terni les relations entre les deux pays, qui partagent une langue (l'indonésien, langue nationale de l'Indonésie, est une variété de malais au même titre que le malais de Malaisie) et une histoire communes (jusqu'au traité de Londres de 1824 par lequel Anglais et Hollandais se partagent le monde malais. Les sujets de discorde sont divers.
