La saison 1999 du Championnat d'Équateur de football est la quarante-et-unième édition du championnat de première division en Équateur. Douze équipes prennent part à la Série A, la première division. Le championnat est scindé en deux tournois, Ouverture et Clôture, qui détermine les qualifications pour la poule pour le titre (l'Hexagonal) et le tournoi de relégation. Le tournoi Ouverture est disputé sous la forme d'une poule unique, le tournoi Clôture voit les douze clubs répartis en deux poules. À la fin de ces deux phases, les six meilleures équipes disputent l'Hexagonal pour déterminer le champion tandis que les six moins bonnes prennent part à la poule de relégation. Pour permettre le passage de la Série A de 12 à 10 clubs, les trois derniers sont relégués et remplacés par le champion (fr)